Dalam melaksanakan tugas, Loka Riset Perikanan Tuna menyelenggarakan fungsi:

• Penyusunan, pemantauan, dan evaluasi rencana, program, dan anggaran, serta pelaporan dibidang riset perikanan tuna;
• Pelaksanaan kegiatan riset sumber daya perikanan tuna dan sejenisnya (tuna like species) di wilayah Negara Republik Indonesia di perairan Samudera Hindia yang meliputi aspek biologi, lingkungan, dinamika populasi, dan eksploitasi;
• Pelayanan teknis, jasa, informasi, komunikasi, dan kerja sama riset;
• Pengelolaan prasarana dan sarana riset;
• Pelaksanaan urusan ketatausahaan.